Krøger har sin utdannelse var Østlandets musikkonservatorium og Norges musikkhøgskole, med Torkil Bye, Per Øien, Andrew Cunningham og Ørnulf Gulbrandsen som fløytelærere. Siden 2003 har hun undervist ved Barratt Due i fagene fløytedidaktikk, ensembledidaktikk og undervisningspraksis.
Eva Nordli Krøger arbeider som musikkpedagog, frilansmusiker og faglitterær forfatter. Hun driver også firmaet Fagerhøy Kulturverksted, som produserer og gir ut CD-er og faglitteratur for barn.
Gjennom Norsk musikforlag har hun gitt ut flere metode- og undervisningshefter for fløytister, og skrevet mange sanger, musikkeventyr og oppsetninger for barn. Hun er også fast ansatt ved Oslo musikk- og kulturskole.
